Chức vụ này được thiết lập bởi hiến pháp Slovakia vào ngày 1 tháng 1 năm 1993 khi Slovakia vĩnh viễn tách khỏi Tiệp Khắc và trở nên độc lập. Văn phòng bị bỏ trống cho đến ngày 2 tháng 3 năm 1993 khi tổng thống đầu tiên Michal Kováč được bầu bởi Hội đồng Quốc gia Cộng hòa Slovak. Tuy nhiên, vào năm 1998, Hội đồng Quốc gia đã không thể bầu người kế nhiệm cho Kováč. Kết quả là trong nửa năm sau khi nhiệm kỳ của Kováč kết thúc vào tháng 3 năm 1998, vị trí này đã bị bỏ trống. Nhiệm vụ và quyền hạn của văn phòng được trao cho thủ tướng và người phát ngôn của Hội đồng Quốc gia khi đó. Để đi đến một giải pháp, hiến pháp đã được thay đổi để chuyển cuộc bầu cử tổng thống cho người dân. Cuộc bầu cử tổng thống đã được tổ chức vào năm 1999, 2004, 2009, 2014 và 2019.